Nyborg Marina huser også en mindre erhvervshavn, Fiskerihavnen.
Jollehavnen er beregnet til joller uden mast.
Vesterhavnen ligger tæt op ad de maritime bygninger, som både huser ejerlejligheder, leje- og andelsboliger.
Østerhavnen ligger så godt som i byens centrum og indgår derfor som en synlig del af byen.
5. november 2019 vedtog byrådet, at den hidtil officielt unavngivne havneplads får navnet Heimdals Plads.
Ved Kongens Skibsbro lægger Kongeskibet og andre større skibe til, når de gæster byen.
Kanalhavnen starter i Østerhavnen og munder ud i et tidligere DSB færgeleje.
I 2021 har Nyborg Marina indviet et helt nyt bassin "Tømmergraven".
